Misija Centra za ženske studije jest pružiti obrazovanje iz ženskostudijskih tema, djelovati na podizanju svijesti žena u Hrvatskoj te poticati istraživanje i izdavaštvo vezano uz ženskostudijske teme. Isto tako, misija Centra je i osnažiti žene u političkim i civilnim inicijativama kroz obrazovanje na više razina te afirmirati konstruktivne vrednote mira i solidarnosti, posebno putem međunarodnog umrežavanja i programa razmjene na području ženskih studija, zajedničkim kulturnim i civilnim projektima i izravnom podrškom ženama. Unutar svojih programa Centar motivira studentice i druge sudionice/ke na kritičko mišljenje i svijest o važnosti ženskih tema, pa tako djeluje na samoosnaživanje kroz preuzimanje odgovornosti za društvene promjene.
 

Svoju misiju Centar ostvaruje putem sljedećih aktivnosti i ciljeva:

• fundamentalni znanstveno-istraživački projekti
• uvođenje rodne perspektive u obrazovanje
• sudjelovanje u ženskostudijskim programima u regiji/Europi/svijetu
• ponuda različitih ekspertnih znanja (paketi obrazovnih usluga namijenjeni ženskim organizacijama, tijelima za provedbu rodne jednakosti, strankama)
• izdavaštvo (tiskanje znanstvenog časopisa, knjiga i ženskostudijskih udžbenika, razvijanje posebno orijentiranih biblioteka)

Centar za ženske studije kontinuirano djeluje na:

• obrazovanju o ženskoj problematici
• promicanju ženskostudijskih programa na sveučilištu
• istraživanju ženske subjektivnosti, ženske povijesti i kulture, roda/spola, moći i znanja
• otvaranju novih tema važnih za žene (državljanstvo, koncept građanke, politika reprodukcije i dr.)
• afirmiranju rodno osviještene politike iz kritičkog feminističkog motrišta
• preobrazbi društvenog statusa žene s naglaskom na ženskim pravima
• promoviranju i podupiranju ženske kulture i ženskih znanja putem istraživanja, izdavaštva i javnih događanja
• osvješćivanju povijesnih, civilizacijskih i antropologijskih vrednota žena
• razvijanju kulture dijaloga i nenasilne kulture življenja